АО «НК «ҚТЖ» успешно внедрило и поддерживает систему экологического менеджмента, соответствующую международному стандарту ISO 14001. Первая сертификация состоялась в 2011 году. 

Ежегодно система экологического менеджмента Компании проходит внешний аудит для подтверждения соответствия требованиям ISO 14001. 

Последний ресертификационный аудит, проведенный в 2023 году аудиторами сертификационного органа ООО «Фирма «Интерсертифика-ТЮФ» совместно с ТЮФ Тюринген, подтвердил соответствие системы экологического менеджмента Компании требованиям международного стандарта ISO 14001:2015 «Системы экологического менеджмента».

В целях оценки соответствия системы управления группой компаний АО «НК «ҚТЖ» требованиям международного стандарта  ISO 14001 ежегодно проводятся внутренние аудиты обученными экспертами АО «НК «ҚТЖ». По результатам аудита 2023 года было подтверждено полное соответствие системы международным стандартам. В 2024 году в ходе аудита были выявлены 3 несоответствия, для устранения которых были выработаны 2 рекомендации. В соответствии с международными стандартами любое несоответствие является потенциалом для улучшения. Для каждого нарушения были проведены работы по анализу причин, разработаны и реализованы планы корректирующих действий.